A partire dalla metà degli anni ‘60 negli Incontri Nazionali di Studi di Vallombrosa si analizzano senza pregiudizi le trasformazioni del comunismo italiano, si inizia a sostenere apertamente l’unità sindacale e si rilancia la pianificazione democratica. Su questi temi sorgono le prime significative divergenze sia con il sindacato che con la DC, di cui si paventa un ruolo moderato e conservatore, che emergeranno al 10° Congresso (Roma, 3-6 novembre ‘66). È il congresso della partecipazione dei lavoratori alla società democratica, ma anche del ruolo vulcanico delle Acli che, nutrite di cristiana libertà e coerente capacità anticipatrice, sentono di poter dialogare con tutti i lavoratori. Viene eletta vicepresidente Maria Fortunato, la prima volta per una donna. II 1968 matura la consapevolezza di un ruolo autonomo delle Acli a fianco del movimento operaio e una nuova attenzione alle forze del cambiamento, identificate con le forze sociali della sinistra democratica, con le quali si privilegia dialogo e confronto.

L’11° Congresso (Torino, 19-22 giugno ‘69), segna la fine del collateralismo nei confronti della DC e l’acquisizione del principio del voto libero degli aclisti, proclamato per la prima volta in Italia da una associazione cattolica. Livio Labor si presenta dimissionario, per dedicarsi alla nuova impresa culturale-politica (l’Acpol) che lo porterà a fondare nel 1971 un nuovo partito MPL (Movimento Politico dei Lavoratori). Il nuovo presidente eletto dal consiglio nazionale è Emilio Gabaglio.
Gli anni trascorsi dal 1969 al 1972 sono anni cruciali per la storia delle Acli. In occasione dell’incontro Nazionale di Studi di Vallombrosa (27-30 agosto 1970) Gabaglio lancia l’ipotesi socialista per il movimento. La reazione della Chiesa è dura e porta, dopo un periodo di travaglio, alla deplorazione di Papa Paolo VI del 18 giugno 1971, a cui fa seguito il ritiro degli assistenti.
Si registra una considerevole riduzione dei circoli e degli iscritti e si assiste ad una duplice scissione che darà vita alla costituzione delle Libere Acli e poi della Federacli, che, infine, confluiranno nel MCL. Il gruppo dirigente fatica a reggere la complessità e la gravità del momento storico.

Il 12° Congresso (Cagliari 13-16 aprile ‘72) ha il compito di definire con chiarezza l’identità, il ruolo e l’ispirazione cristiana delle Acli. La decisione di maggior rilievo del congresso ha un carattere interno ed è costituita dal cambiamento degli articoli 1 e 2 dello statuto, approvato all’unanimità. Le elezioni politiche del 7 maggio registrano un’avanzata della destra e il tracollo delle nuove formazioni, compreso il MPL di Labor. L’esito delle elezioni, unito alla situazione ecclesiale determina l’inevitabile crisi della presidenza Gabaglio. All’Incontro Nazionale di Studi di Roccaraso (30-3 agosto1972) si manifesta la volontà di un riavvicinamento alla sinistra DC e l’auspicio al ritorno del centrosinistra come possibilità di dialogo istituzionale tra cattolici e socialisti, nonché l’intenzione di riavvicinarsi alla Chiesa. Al consiglio nazionale del 4 e 5 novembre 1972 Gabaglio si presenta dimissionario. Viene eletto al suo posto Marino Carboni.